PREDIKSI TINGKAT KEFATALAN MUTASI GENETIK GEN LC3B TERHADAP FUNGSIONALITAS PROTEIN AUTOFAGI DENGAN STUDI IN SILICO

Abstract

Pendahuluan: Autofagi adalah jalur penting yang mengatur hemeostasis organisme, ketika keseimbangan autofagi terganggu maka dapat menyebabkan keadaan yang bersifat patologis. Autofagi terbagi menjadi tiga jenis, (1) makroautofagi, (2) mikroautofagi, dan (3) Chaperone-mediated autophagy (CMA). Modulator tahap autofagi terdiri dari (1) inisiasi, saat terjadinya starvasi mTORCI dihambat dan fosforilasi oleh AMPK, kemudian akan meng aktivasi ULK1, (2) Ekspansi, yang melibatkan BECLIN1, dan (2) elongasi, akan melibatkan peran LC3B. Sel melakukan autofagi untuk mendaur ulang organel yang rusak dan protein yang salah pelipatan, bekerja sama dengan sistem kekebalan adaptif untuk menjaga hemeostasis sel serta kualitas protein dan organel. Kelainan pada proses autofagi akan berdampak pada kejadian mutasi genetik khusus nya pada mutasi Missense dan Frameshift. Mutasi genetik ditandai oleh perubahan urutan asam amino yang dapat mengakibatkan perubahan fungsi protein. Tujuan: Mengetahui tingkat kefatalan mutasi Missense dan Frameshift gen LC3B terhadap protein autofagi. Metodologi: Memprediksi tingkat kefatalan mutasi dengan menggunakan perangkat lunak SIFT dan PolyPhen-2. Hasil: Hasil prediksi gen LC3B menggunakan perangkat lunak SIFT pada mutasi Missense didapatkan 55% sampel mengalami Deleterious dan 45% sampel mengalami Tolerated. Mutasi Frameshift didapatkan 20% sampel mengalami Deleterious dan 80% sampel mengalami Tolerated. Sedangkan perangkat lunak PolyPhen-2 pada mutasi Missense didapatkan hasil 45% untuk Benign, 14% untuk Possibly Damaging, dan 45% untuk Probably Damaging. Mutasi Frameshift didapatkan hasil 20% untuk Benign, 40% untuk Possibly damaging, dan 40% untuk Probably Damaging. Kesimpulan: Setelah dilakukan penelitian dapat disimpulkan bahwa mutasi Missense dan Frameshift pada gen LC3B dapat mempengaruhi fungsionalitas protein LC3B.